Arrêts de travail : motif médical obligatoire et plafonds de 31 et 62 jours
Depuis le 1er septembre 2026, la prescription des arrêts de travail pour maladie est davantage encadrée. Médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes doivent renseigner systématiquement le motif médical, tandis que la durée est plafonnée à 31 jours pour un arrêt initial et à 62 jours pour chaque prolongation. Ces seuils ne constituent toutefois pas des limites médicales infranchissables : une durée supérieure reste possible lorsque la situation du patient le justifie, à condition que le prescripteur motive explicitement la dérogation.[1][2][3]
À retenir (lecture rapide)
• Depuis le 1er septembre 2026, le motif médical doit être renseigné pour les arrêts maladie hors AT-MP.
• Une première prescription est plafonnée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours.
• Une durée supérieure reste possible si la situation clinique le justifie et si la dérogation est motivée.
• Dans e-AAT, la justification est demandée automatiquement ; sur Cerfa, elle doit être inscrite avec le motif médical.
Motif médical : une obligation élargie et mieux formalisée
La réforme, issue de la loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) pour 2026, s’applique aux prescriptions établies depuis le 1er septembre. Elle concerne les arrêts de travail pour maladie donnant lieu au versement d’indemnités journalières, hors accident du travail et maladie professionnelle (AT-MP). L’Assurance Maladie résume désormais la règle de manière explicite : le motif de l’arrêt doit être systématiquement renseigné.[1]
Pour les médecins, cette évolution ne part cependant pas d’une page blanche. Jusqu’au 31 août 2026, l’article L. 162-4-1 du Code de la sécurité sociale leur imposait déjà de mentionner les « éléments d’ordre médical justifiant l’interruption de travail » sur les documents destinés au service du contrôle médical.
Depuis le 1er septembre, la rédaction est plus précise. Le Code vise désormais les éléments d’ordre médical, les motifs justifiant l’interruption ainsi que sa durée. L’obligation est en outre expressément étendue aux chirurgiens-dentistes et aux sages-femmes lorsqu’ils prescrivent un arrêt dans les conditions prévues par les textes.[2]
Cette évolution se traduit directement dans la pratique. Dans le téléservice e-AAT, le motif médical doit être renseigné lors de l’établissement de l’avis d’arrêt de travail. Lorsque le professionnel recourt au formulaire Cerfa sécurisé, ce motif doit être porté sur le volet 1, dans la rubrique « éléments d’ordre médical », et inscrit « en toutes lettres ».[1]
Ces informations ne sont pas destinées à l’employeur. Les éléments médicaux relèvent du circuit adressé au service médical de l’Assurance Maladie, tandis que le volet transmis à l’employeur ne comporte pas le diagnostic du patient.[2][4] Cette distinction doit également être séparée du circuit numérique des arrêts de travail dans le DMP et Mon espace santé, qui a lui aussi évolué en 2026.[7]
Plafonds de 31 et 62 jours : le Code fixe désormais des bornes précises
La LFSS pour 2026 a inscrit dans les articles L. 162-4-1 et L. 162-4-4 du Code de la sécurité sociale le principe d’un plafonnement de la durée des arrêts de travail. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en a précisé les valeurs en créant l’article R. 162-1-7-1 : 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation.[2][3][5]
Cette précision améliore la traçabilité juridique du dispositif. La loi pose le principe du plafonnement et organise les possibilités de dérogation ; l’article réglementaire R. 162-1-7-1 fixe, lui, les durées concrètement applicables depuis le 1er septembre 2026.[3]
Le plafond de 62 jours porte sur chaque prolongation. Il ne constitue donc pas une durée maximale cumulée de l’arrêt maladie. Plusieurs prolongations successives demeurent possibles lorsque l’incapacité de travail persiste et que les conditions de prescription sont réunies.
Les nouveaux plafonds ne s’appliquent par ailleurs qu’aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.[3] Un arrêt prescrit avant cette date n’est donc pas rétroactivement ramené à 31 jours. En revanche, si cet arrêt doit être prolongé après l’entrée en vigueur de la réforme, la nouvelle prescription relève du régime applicable depuis le 1er septembre, et notamment du plafond de 62 jours.
Le décret prévoit enfin une exception territoriale : les plafonds de 31 et 62 jours ne sont pas applicables à Mayotte.[3]
Dérogation : l’état du patient reste le fondement de la décision
Les chiffres de 31 et 62 jours pourraient donner l’impression d’une règle rigide. Le Code prévoit pourtant expressément la possibilité de dépasser ces durées.
Pour une première prescription comme pour une prolongation, le professionnel peut prescrire un arrêt plus long lorsqu’il en justifie la nécessité au regard de la situation du patient. Le texte lui demande également de prendre en considération les recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS) lorsqu’elles existent.[2][5]
Cette articulation mérite d’être lue précisément. La dérogation n’est pas subordonnée à l’existence d’une recommandation de la HAS. Son point d’appui demeure la situation clinique individuelle du patient. Les recommandations constituent une référence à considérer lorsqu’elles sont disponibles, mais elles ne remplacent pas l’appréciation du prescripteur.
L’Assurance Maladie rappelle d’ailleurs que les référentiels de durée établis pour certaines pathologies ou interventions restent indicatifs. Ils correspondent à des durées à l’issue desquelles la plupart des patients sont susceptibles de reprendre leur activité professionnelle, mais doivent être adaptés à la situation concrète : état clinique, évolution de la pathologie, comorbidités, nature du poste ou contraintes professionnelles.[4]
La conséquence pratique est immédiate. Lorsqu’un arrêt initial excède 31 jours ou qu’une prolongation dépasse 62 jours, inscrire simplement une durée supérieure ne suffit plus. Le prescripteur doit laisser apparaître les éléments médicaux permettant de comprendre pourquoi cette durée dérogatoire est nécessaire.[1][2][5]
Téléservice et formulaire papier : comment justifier le dépassement
Dans e-AAT, le parcours de prescription intègre directement ces nouvelles exigences. Le motif médical est systématiquement demandé et, lorsque la durée renseignée dépasse 31 jours pour une première prescription ou 62 jours pour une prolongation, le téléservice réclame automatiquement la justification de la dérogation.[1]
Avec le formulaire Cerfa sécurisé, le geste est plus manuel. Le prescripteur doit inscrire le motif médical sur le volet 1, dans la rubrique « éléments d’ordre médical ». Si la durée excède le plafond, il doit également porter dans cette même rubrique la mention de la dérogation et sa justification, en complément du motif.[1]
Cette organisation est transitoire. L’Assurance Maladie indique qu’une nouvelle version du formulaire sécurisé doit tenir compte de ces évolutions. Les téléservices d’avis d’arrêt de travail intégrés aux logiciels d’aide à la prescription, les AATi, doivent de leur côté pouvoir s’adapter au nouveau cadre à partir du début de l’année 2027.[1]
Pour les professionnels, l’enjeu ne se limite donc pas à respecter un nombre de jours. La réforme renforce surtout la traçabilité du raisonnement médical : lorsqu’une prescription s’écarte des durées réglementaires, la justification doit apparaître clairement dans le circuit destiné au contrôle médical.
Téléconsultation : la limite de trois jours reste distincte
Les plafonds de 31 et 62 jours ne remplacent pas les règles spécifiques applicables aux arrêts prescrits à distance. En téléconsultation, un arrêt de travail prescrit ou renouvelé demeure en principe limité à trois jours.[4]
L’Assurance Maladie rappelle toutefois plusieurs exceptions : lorsque le prescripteur est le médecin traitant de l’assuré ou son remplaçant ; lorsqu’il s’agit de la sage-femme référente ; ou, dans certaines situations de prolongation, lorsque le patient peut démontrer qu’il lui était impossible de consulter un professionnel de santé en présentiel.[4]
Les deux mécanismes ne doivent donc pas être confondus. La limite de trois jours dépend du recours à la téléconsultation ; les seuils de 31 et 62 jours encadrent la durée des prescriptions d’arrêt maladie relevant du nouveau dispositif.
Cette distinction n’est pas seulement théorique. Les règles applicables aux arrêts maladie prescrits en téléconsultation ont déjà montré combien une mauvaise lecture du cadre réglementaire pouvait entraîner des conséquences professionnelles et financières pour les prescripteurs.[8]
Sages-femmes : une autre limite supprimée au 1er septembre
Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 comporte une autre évolution concernant directement les sages-femmes. Jusqu’au 31 août, l’article D. 323-5 limitait à quatre jours calendaires, renouvelables une fois, l’arrêt de travail qu’une sage-femme pouvait prescrire dans le cadre d’une interruption volontaire de grossesse (IVG) médicamenteuse.
Cette limitation spécifique a été supprimée à compter du 1er septembre 2026.[6][11] L’article D. 323-5 conserve désormais le principe selon lequel une sage-femme peut prescrire un arrêt dans cette situation, sans reprendre cette ancienne durée maximale spécifique.
Cette évolution mérite d’être distinguée du plafonnement général instauré parallèlement. Elle concerne les compétences de prescription des sages-femmes dans le cadre de l’IVG médicamenteuse, tandis que les seuils de 31 et 62 jours organisent plus largement la durée des arrêts de travail entrant dans le nouveau régime.
Renouvellement supérieur à trois mois : le contrôle médical peut être sollicité
Le même décret n° 2026-499 introduit une faculté supplémentaire lorsque la durée d’un renouvellement devient particulièrement longue. L’article L. 162-4-4 prévoit désormais que le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical lorsque la durée du renouvellement dépasse un seuil fixé par décret.[5]
Ce seuil a été fixé à trois mois.[6]
La formulation mérite, là encore, d’être interprétée sans raccourci : elle porte sur la durée du renouvellement lui-même, et non sur la durée cumulée de plusieurs arrêts ou prolongations successives. Un patient dont l’arrêt atteint trois mois au total n’entre donc pas automatiquement dans ce dispositif.
Par construction, un renouvellement supérieur à trois mois excède également le plafond ordinaire de 62 jours. Il suppose donc une dérogation médicalement justifiée. Dans cette situation, le prescripteur peut en outre solliciter le service du contrôle médical pour obtenir son avis.[5][6]
Cette possibilité intervient dans un environnement où la gestion des arrêts longs fait l’objet d’un suivi accru, avec notamment un partage ciblé de certaines données destiné à prévenir la désinsertion professionnelle.[9] Ce dispositif reste toutefois distinct du mécanisme de dérogation aux plafonds et répond à ses propres règles.
Une réforme aussi portée par la maîtrise des indemnités journalières
Le nouveau dispositif ne répond pas uniquement à une logique documentaire. Dans l’étude d’impact accompagnant le PLFSS pour 2026, le Gouvernement inscrivait la mesure dans un objectif de meilleure maîtrise des dépenses d’indemnités journalières, tout en invoquant la recherche d’un suivi médical plus régulier des assurés en arrêt.[10]
Les données présentées dans cette étude montrent que les arrêts longs, bien que minoritaires en nombre de prescriptions, concentrent une part importante des journées indemnisées. En 2024, 2,7 % des premières prescriptions dématérialisées dépassaient un mois, mais elles représentaient 19 % des journées prescrites.[10]
Le dispositif finalement adopté diffère toutefois du projet initial. Celui-ci envisageait notamment une limitation à quinze jours pour certaines premières prescriptions réalisées en ville. Le seuil entré en vigueur le 1er septembre a finalement été fixé à 31 jours.
Pour les prescripteurs, cette genèse ne modifie pas la conduite à tenir au cabinet, mais elle éclaire la logique du texte : encadrer davantage la durée des arrêts tout en conservant une possibilité de dépassement lorsque l’état du patient l’exige.
Une prescription plus encadrée, sans effacer l’appréciation clinique
Depuis le 1er septembre 2026, la prescription d’un arrêt de travail repose donc sur une séquence plus formalisée. Le professionnel qualifie médicalement l’interruption, renseigne son motif, inscrit sa durée et respecte en principe les plafonds de 31 ou 62 jours.
Si l’état du patient nécessite davantage de temps, la prescription peut franchir ces seuils. Le prescripteur doit alors expliciter les raisons médicales du dépassement et tenir compte des recommandations de la HAS lorsqu’elles existent.
Le nouveau cadre renforce ainsi la documentation de la prescription sans transformer les durées réglementaires en standards cliniques uniformes. Pour les professionnels, le réflexe à retenir tient en une ligne : au-delà de 31 ou 62 jours, la question n’est pas seulement de déterminer combien de temps arrêter le patient, mais de rendre lisible le raisonnement médical qui justifie cette durée.
Références
[1] Assurance Maladie, « De nouvelles règles de prescription d’arrêt de travail en vigueur depuis le 1er septembre », 3 septembre 2026.
[2] Légifrance, Code de la sécurité sociale, article L. 162-4-1, version applicable depuis le 1er septembre 2026.
[3] Légifrance, décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières, Journal officiel du 13 juin 2026.
[4] Assurance Maladie, « Prescrire un arrêt de travail », mise à jour du 1er septembre 2026.
[5] Légifrance, Code de la sécurité sociale, article L. 162-4-4, version applicable depuis le 1er septembre 2026.
[6] Légifrance, décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 relatif à la durée de renouvellement d’un arrêt de travail à compter de laquelle le prescripteur peut saisir l’avis du service du contrôle médical, Journal officiel du 13 juin 2026.
[7] Caducee.net, « Mon espace santé et DMP en 2026 : les documents Amelipro versés automatiquement », 11 mai 2026.
[8] Caducee.net, « Arrêts maladie en téléconsultation : une généraliste sommée de rembourser 10 500 euros », 17 octobre 2024.
[9] Caducee.net, « Arrêts de travail 2026 : un partage de données ciblé, sous condition de consentement », 5 mai 2026.
[10] Direction de la Sécurité sociale, PLFSS 2026, annexe 9, étude d’impact relative à la limitation de la durée de prescription des arrêts de travail, octobre 2025.
[11] Légifrance, Code de la sécurité sociale, article D. 323-5, versions antérieure et applicable depuis le 1er septembre 2026.