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Arrêts de travail 2026 : un partage de données ciblé, sous condition de consentement

| 05/05/2026 | par Caducee.net | | Partager

Arrêts de travail 2026 : un partage de données ciblé, sous condition de consentement Les décrets n° 2026-320 et n° 2026-321, publiés au Journal officiel le 29 avril 2026, encadrent désormais un partage de données ciblé entre le service du contrôle médical de l’Assurance maladie — ainsi que, pour le régime agricole, les caisses de Mutualité sociale agricole (MSA) — et les services de prévention et de santé au travail (SPST). Derrière une mécanique réglementaire très technique, le sujet est directement opérationnel : consentement de l’assuré ou du travailleur, données strictement nécessaires, messagerie sécurisée, traçabilité dans le dossier médical en santé au travail et prévention de la désinsertion professionnelle.[1][2]

À retenir (lecture rapide)

• Les textes organisent deux flux ciblés, sans ouvrir un partage généralisé du dossier médical.

• Le seuil principal concerne les arrêts continus d’au moins six mois, avec plusieurs exclusions.

• Le consentement reste obligatoire, mais sa liberté devra être garantie dans des situations souvent fragiles.

• Les SPST devront tracer l’accompagnement et répondre au contrôle médical dans un délai de trente jours.

• La réforme s’inscrit dans un contexte de reprise en main des indemnités journalières.

Deux flux distincts autour des arrêts longs

Les décrets n° 2026-320 et n° 2026-321 ne créent pas une passerelle indistincte entre médecine de soins, Assurance maladie et médecine du travail. Ils organisent deux flux précis, fondés sur des bases légales différentes et orientés vers un même objectif : repérer plus tôt les situations dans lesquelles un arrêt de travail prolongé risque de déboucher sur une perte d’emploi, une inaptitude ou une sortie durable du parcours professionnel.

Le premier flux part du service du contrôle médical vers les professionnels de santé du SPST chargés du suivi individuel de l’assuré. Le décret n° 2026-320, applicable dès le 30 avril 2026, précise les informations transmissibles et le canal à utiliser.^[1] Le second flux suit le chemin inverse : lorsque le SPST accompagne un travailleur déjà concerné par une transmission, il informe, sous réserve de l’accord du travailleur, le contrôle médical et lui transmet certains éléments relatifs au poste, aux conditions de travail et aux mesures envisagées. Le décret n° 2026-321 entrera, lui, en vigueur le 1er août 2026.^[2]^[4]

Présanse, l’organisation représentative des SPST interentreprises, insiste sur cette distinction : il existe « deux obligations distinctes et croisées », l’une pesant sur les organismes de sécurité sociale, l’autre sur les services de santé au travail lorsqu’ils accompagnent un travailleur concerné.^[4] Cette précision n’est pas secondaire. Elle évite de confondre un dispositif de coordination ciblée avec une mise en commun générale des données médicales.

Pour le médecin de ville, le changement n’est pas celui d’une nouvelle formalité à remplir. Le décret ne lui confie ni le recueil du consentement, ni la transmission des informations au SPST. En revanche, il modifie le contexte d’explication au patient. Un salarié arrêté depuis plusieurs mois pourra être sollicité par le service du contrôle médical pour autoriser un partage limité de données avec le SPST ; le médecin traitant devra donc pouvoir situer ce dispositif dans le parcours global de maintien en emploi, sans le confondre avec un simple contrôle administratif de l’arrêt.

Un dispositif pris dans la reprise en main des IJ

La lecture strictement réglementaire ne suffit pas. Ces deux décrets interviennent dans un paysage beaucoup plus tendu autour des indemnités journalières (IJ). Dans son rapport Charges et Produits pour 2026, l’Assurance maladie indique que les dépenses d’IJ ont progressé de 27,9 % entre 2019 et 2023. Elle estime que 60 % de cette hausse s’explique par des facteurs démographiques et économiques, le reste étant lié à l’augmentation de la durée des arrêts et de leur fréquence.^[9]

La Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) chiffre, pour 2024, les IJ versées par les régimes de base à 21,4 milliards d’euros, en hausse de 6,2 %. Elle relève aussi une progression de 7,0 % des IJ maladie hors Covid-19 en 2024, après 5,6 % en 2023.^[10] Ces données budgétaires ne disent rien, à elles seules, de la légitimité d’un arrêt individuel. Elles expliquent en revanche pourquoi tout nouveau circuit d’information sur les arrêts longs est lu avec prudence par les professionnels et par les assurés.

La loi de financement de la sécurité sociale (LFSS) pour 2026 a, par ailleurs, introduit un plafonnement des durées de prescription d’arrêt de travail, fixé par décret en Conseil d’État, avec un plancher d’un mois pour une première prescription et de deux mois pour une prolongation. Les prescripteurs peuvent toutefois y déroger lorsqu’ils justifient, sur la prescription, la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient.^[11] Le Conseil constitutionnel a relevé que le législateur poursuivait à la fois un objectif de suivi médical régulier et de maîtrise de la dépense d’IJ.^[12]

C’est dans ce contexte que les décrets du 29 avril doivent être lus. Ils ne relèvent pas du même registre que le pilotage des prescriptions d’arrêts de travail, mais ils s’inscrivent dans la même séquence politique et assurantielle. Leur promesse est celle d’un maintien en emploi mieux coordonné ; leur point de fragilité tient au risque de faire glisser un outil de prévention vers une architecture de surveillance des arrêts longs.^[8]

Six mois d’arrêt continu comme seuil de déclenchement

Le décret n° 2026-321 fixe le seuil d’identification des situations concernées : les arrêts transmis au SPST sont ceux dont la durée continue est égale ou supérieure à six mois. Ce seuil ne vaut pas pour toutes les situations. Le texte exclut les assurés atteints d’une pathologie mettant en jeu leur pronostic vital ou fonctionnel à court ou moyen terme, ainsi que ceux qui font l’objet de soins actifs et continus.^[2]

Cette borne temporelle apporte une clarification attendue. Les dispositifs existants de prévention de la désinsertion professionnelle s’activent souvent plus tôt dans les parcours, notamment avec la visite de pré-reprise ou l’essai encadré. Ici, le législateur cible explicitement les arrêts longs, ceux qui concentrent les risques de rupture avec l’entreprise, de perte de compétences utilisables au poste ou d’aggravation sociale de la situation médicale.

Ce seuil n’a cependant rien d’anodin. Pour un salarié dont la maladie s’installe dans la durée, le basculement dans une catégorie d’arrêt « à risque » peut être vécu comme un signalement, même lorsque le texte parle de prévention. Les troubles musculo-squelettiques, les troubles psychiques ou certaines pathologies chroniques ne se laissent pas toujours réduire à une trajectoire linéaire vers la reprise. La temporalité médicale, la temporalité administrative et la temporalité de l’entreprise ne coïncident pas toujours.

Le cœur du sujet se situe donc dans l’usage concret du dispositif. Un arrêt continu d’au moins six mois peut justifier une mobilisation renforcée du SPST ; il ne doit pas devenir, par réflexe organisationnel, une présomption de retour possible ou de contrôle renforcé. La nuance est décisive pour préserver la confiance des patients dans les acteurs médicaux qui les accompagnent.

Un partage limité à des données utiles au maintien en emploi

Le décret n° 2026-320 énumère les informations pouvant être transmises par le service du contrôle médical au SPST. Trois catégories sont visées : l’identifiant national de santé (INS), la durée totale de l’arrêt de travail et les éléments d’ordre médical strictement nécessaires figurant dans l’avis d’arrêt de travail.^[1] La formulation mérite d’être lue attentivement : elle ne vise ni l’ensemble du dossier médical de l’assuré, ni les comptes rendus de consultations, ni les résultats d’examens.

Le texte retient donc une logique de minimisation. Les données doivent permettre au SPST d’identifier le salarié, de comprendre la temporalité de l’arrêt et d’apprécier, dans une mesure limitée, les éléments médicaux nécessaires à une démarche de prévention. Le mot décisif est ici « nécessaires » : la transmission ne peut pas devenir un raccourci vers des informations sans rapport avec le maintien ou le retour au travail.

Le flux retour est, lui aussi, borné. Le SPST transmet au service du contrôle médical des propositions d’aménagement, d’adaptation ou de transformation du poste, des mesures d’aménagement du temps de travail, des informations strictement nécessaires contenues dans un éventuel avis d’inaptitude, ainsi qu’une appréciation sur la nécessité de mobiliser le service social de l’Assurance maladie.^[2] Autrement dit, le contrôle médical ne reçoit pas un récit exhaustif de la visite en santé au travail : il reçoit des informations finalisées, liées à la prévention de la désinsertion professionnelle.

La pression de régulation sur les indemnités journalières reste forte en 2026, mais ces deux décrets ne peuvent être réduits à une mesure de contrôle comptable. Ils relèvent d’une zone plus délicate : une coordination médicale et sociale susceptible d’aider certains salariés, mais exposée à une perte de confiance si la finalité de prévention n’est pas tenue avec rigueur.^[7]

Le salarié, angle mort possible du consentement

Le consentement n’est pas recueilli au même endroit selon le sens de circulation des informations. Pour le flux Assurance maladie vers SPST, l’accord de l’assuré est recueilli par le service du contrôle médical, qui doit le conserver. Le même service doit informer préalablement l’assuré des objectifs poursuivis et du contenu des informations concernées. Le retrait est possible à tout moment, en s’adressant au service du contrôle médical.^[1]

Pour le flux SPST vers service du contrôle médical, l’accord du travailleur est recueilli par un professionnel de santé au travail au cours d’une visite organisée dans le cadre du suivi individuel de l’état de santé. Cet accord est conservé dans le dossier médical en santé au travail (DMST). Le travailleur peut ensuite le retirer à tout moment auprès du SPST.^[2]

La Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL), saisie sur le projet de décret relatif au flux aller, accueille favorablement le principe d’une notice d’information élaborée avec la Caisse nationale de l’Assurance maladie (CNAM) et les SPST. Cette notice doit notamment garantir la bonne information des salariés, la liberté du consentement, la possibilité de retirer l’accord à tout moment et l’absence de conséquence sur les droits en cas de refus de transmission.^[3]

Reste l’écart entre le droit écrit et la situation vécue. Un salarié arrêté depuis plusieurs mois peut se trouver fragilisé par la maladie, une baisse de revenus, la crainte d’un licenciement pour inaptitude ou la peur de compromettre son retour dans l’entreprise. Dans ce contexte, un consentement formellement recueilli ne sera réellement protecteur que si l’information est claire, répétée et compréhensible. Le refus doit apparaître comme un choix possible, non comme une prise de risque administrative.

Les droits d’accès, de rectification et de limitation du traitement suivent la même logique que le consentement. Pour le flux aller, ils s’exercent auprès du service du contrôle médical. Pour le flux retour, ils s’exercent auprès du SPST chargé du suivi du salarié.^[1]^[2] Le droit à l’effacement, en revanche, n’est pas repris dans le même cadre : la CNIL prend acte de son exclusion, au regard de la mission d’intérêt public liée à la lutte contre la désinsertion professionnelle.^[3]

La messagerie sécurisée, solution transitoire mais encadrée

Les deux décrets imposent une transmission par messagerie de santé sécurisée répondant aux conditions de l’article L. 1470-5 du code de la santé publique.^[1]^[2] Ce renvoi n’est pas une simple précision technique. Il inscrit les échanges dans un cadre numérique conçu pour protéger des données de santé personnelles, avec des exigences de sécurité, d’interopérabilité et de confidentialité.

L’Agence du numérique en santé (ANS) décrit MSSanté comme un espace de confiance permettant à des professionnels habilités d’échanger des données de santé de manière dématérialisée et sécurisée. Cet espace repose notamment sur l’Annuaire Santé, une liste blanche d’opérateurs autorisés et des référentiels communs.^[5]

L’avis de la CNIL éclaire toutefois le caractère transitoire de cette solution. Dans l’attente d’un système d’information dédié, envisagé à ce stade pour 2027, le dispositif s’appuie sur la messagerie sécurisée.^[3] La Commission demande donc une vigilance particulière sur la confidentialité, les habilitations des personnes autorisées à consulter les données et la traçabilité des accès.^[3]

Cette architecture peut rassurer sur le principe, mais elle ne règle pas tout. Les SPST devront disposer d’adresses et de circuits internes adaptés, identifier les professionnels habilités, éviter les boîtes partagées mal gouvernées et documenter les accès. La sécurité ne tient pas seulement au canal ; elle dépend aussi des usages quotidiens, de la discipline organisationnelle et de la capacité à repérer les erreurs humaines avant qu’elles n’entament la confiance.

L’employeur reste hors du flux médical, mais pas hors des effets

Les décrets ne donnent pas à l’employeur accès aux données médicales transmises entre le service du contrôle médical et le SPST. Cette frontière doit être rappelée sans ambiguïté. Le secret médical en santé au travail demeure le garde-fou central, et les informations issues de l’arrêt de travail n’ont pas vocation à circuler dans l’entreprise.

Pour autant, l’employeur n’est pas extérieur aux conséquences pratiques du dispositif. Le code du travail permet au médecin du travail de proposer, par écrit et après échange avec le salarié et l’employeur, des mesures individuelles d’aménagement, d’adaptation ou de transformation du poste de travail, ainsi que des aménagements du temps de travail justifiés notamment par l’état de santé physique ou mental du travailleur.^[13]

La ligne de partage est donc subtile. Les données médicales ne doivent pas être transmises à l’employeur ; les mesures de maintien en emploi, elles, peuvent conduire à des discussions concrètes sur le poste, l’organisation du travail, le temps partiel thérapeutique, le reclassement ou, dans certains cas, l’inaptitude. C’est précisément dans cet entre-deux que les salariés peuvent craindre une circulation indirecte d’informations sensibles.

Pour les professionnels de santé, l’enjeu sera de traduire les besoins fonctionnels sans exposer le diagnostic. Une restriction de port de charge, un aménagement d’horaires ou une reprise progressive peuvent être formulés sans révéler la pathologie. Cette sobriété rédactionnelle, déjà au cœur de la médecine du travail, deviendra encore plus nécessaire lorsque le déclenchement initial du parcours aura été alimenté par des données issues de l’arrêt.

Une nouvelle charge de coordination pour les SPST

Pour les SPST et les médecins du travail, le changement concret tient à la réception d’informations issues du contrôle médical, puis à la capacité d’en faire un levier d’action rapide. Dès lors que le travailleur entre dans le champ du dispositif et donne son accord, le SPST devra analyser la situation, mobiliser la cellule pluridisciplinaire de prévention de la désinsertion professionnelle et, si nécessaire, organiser une transmission retour vers le service du contrôle médical.

Le délai est clairement fixé pour ce flux retour : la transmission par le SPST doit intervenir dans les trente jours suivant la réception des informations relatives aux arrêts de travail.^[2] Ce calendrier crée une contrainte nouvelle. Il suppose que les informations reçues ne restent pas sans suite dans une boîte sécurisée, mais soient intégrées à une chaîne de traitement médicale, sociale et administrative.

Présanse note d’ailleurs que les directions régionales de l’économie, de l’emploi, du travail et des solidarités (DREETS) invitent les SPST interentreprises à créer une adresse mail dédiée aux cellules de prévention de la désinsertion professionnelle.^[4] Le détail paraît technique ; il dit pourtant beaucoup de la réforme. Pour fonctionner, ce partage de données devra devenir un processus identifié, gouverné et traçable, non un flux supplémentaire absorbé au fil de l’eau.

Le DMST devient également un point de traçabilité. Depuis le 30 avril 2026, l’article R. 4624-45-4 du code du travail inclut, parmi les éléments du dossier, le consentement ou l’opposition du travailleur pour les situations prévues à l’article L. 4622-2-1.^[1] En pratique, les SPST devront conserver la preuve de l’accord, organiser l’accès aux informations et articuler ce nouveau flux avec les règles habituelles du secret médical en santé au travail.

Le risque n’est pas seulement administratif. Si les cellules de prévention de la désinsertion professionnelle manquent de temps, d’outils ou de relais sociaux, la réforme peut produire l’inverse de son objectif : des signalements mieux documentés, mais des solutions insuffisamment travaillées. La coordination ne vaut que si elle débouche sur une action utile au salarié.

Des outils existants à mieux articuler

Les nouveaux textes ne partent pas d’une page blanche. L’Assurance maladie rappelle déjà, dans ses repères destinés aux professionnels, que la visite de pré-reprise permet d’anticiper les solutions et aménagements possibles avec l’entreprise, sans conséquence sur l’arrêt de travail.^[6] Elle mentionne également l’essai encadré, organisé pendant l’arrêt, pour tester un ancien poste, un poste aménagé, un nouveau poste ou préparer une reconversion. Sa durée est de 14 jours ouvrables, fractionnable et renouvelable une fois.^[6]

La convention de rééducation professionnelle en entreprise (CRPE), autre outil de maintien en emploi, peut atteindre 18 mois au maximum.^[6] Ces dispositifs donnent un contenu concret à la prévention de la désinsertion professionnelle. Les décrets du 29 avril ne créent pas ces leviers ; ils peuvent, en revanche, favoriser leur activation plus systématique lorsque l’arrêt s’installe dans la durée.

La réussite dépendra donc moins de la seule publication des textes que de l’articulation entre les acteurs : contrôle médical, médecin traitant, médecin du travail, cellule de prévention de la désinsertion professionnelle, service social de l’Assurance maladie, employeur et salarié. Un circuit de données n’a de valeur que s’il débouche sur une proposition compréhensible, acceptable et réalisable sur le poste ou dans le parcours professionnel.

Une avancée conditionnelle sous surveillance

Sur le papier, les décrets répondent à une difficulté bien identifiée : les situations de désinsertion professionnelle sont souvent repérées tardivement, lorsque le retour au poste devient improbable ou que l’inaptitude se profile déjà. En ouvrant un canal formalisé entre contrôle médical et santé au travail, les textes peuvent réduire certaines pertes d’information et éviter que l’arrêt long ne se transforme en impasse silencieuse.

Les risques n’ont pas disparu pour autant. Le premier porte sur la compréhension du consentement. Un assuré en arrêt prolongé, fragilisé par la maladie, la perte de revenus ou la crainte de l’employeur, doit pouvoir distinguer un refus de transmission, un retrait de consentement et les conséquences réelles de chacun de ses choix. Le deuxième risque tient à la charge opérationnelle des SPST, déjà sollicités par le suivi individuel, les actions en entreprise, la traçabilité du DMST et la prévention des risques professionnels.

Le troisième risque concerne la finalité des données. Le texte vise la prévention de la désinsertion professionnelle ; il ne doit pas nourrir, par glissement, une suspicion généralisée autour des arrêts longs. Cette frontière devra être tenue dans les procédures internes, les notices d’information, les habilitations et les pratiques de terrain.

La réforme a donc une portée très concrète, mais conditionnelle. Elle peut donner au médecin du travail et à la cellule de prévention un signal plus précoce. Elle peut aussi clarifier le dialogue avec le contrôle médical et le service social. Elle ne produira cependant ses effets que si le consentement reste lisible, que les données demeurent minimales et que la transmission débouche sur des solutions de maintien en emploi, sans transformer un filet de sécurité en tuyauterie administrative.