Facturation électronique : médecins, infirmiers et kinés, les obligations réelles depuis le 1er septembre
Depuis le 1er septembre 2026, médecins, infirmiers libéraux et masseurs-kinésithérapeutes sont entrés dans la réforme de la facturation électronique, mais pas nécessairement là où ils l’attendaient. Pour les cabinets dont l’activité repose essentiellement sur des soins exonérés de TVA, la première obligation consiste à pouvoir recevoir les factures électroniques des fournisseurs concernés par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. Les feuilles de soins électroniques (FSE) et SESAM-Vitale restent, elles, dans leur circuit habituel. La vigilance doit surtout porter sur le choix de la plateforme, l’adresse de réception et les éventuelles activités annexes.
À retenir (lecture rapide)
- Depuis le 1er septembre 2026, les cabinets doivent disposer d’une solution pour recevoir leurs factures électroniques professionnelles.
- Les soins exonérés de TVA restent hors de l’obligation d’émission et du e-reporting correspondant à ces opérations.
- Les FSE et SESAM-Vitale continuent de fonctionner indépendamment du nouveau circuit fiscal.
- Les activités annexes dans le champ de la TVA pourront relever de l’émission électronique ou du e-reporting dès septembre 2027.
- L’absence persistante de plateforme après mise en demeure pourra être sanctionnée, même si aucune sanction n’est annoncée pour 2026.
Depuis le 1er septembre, la réception constitue la première obligation
Pour la majorité des professionnels libéraux de santé, le changement immédiat tient en un verbe : recevoir.
Depuis le 1er septembre 2026, les professionnels exerçant une activité économique indépendante et entrant dans le champ de la réforme doivent pouvoir recevoir les factures électroniques adressées par leurs fournisseurs. Cette obligation concerne également les assujettis qui ne collectent pas de TVA, notamment parce qu’ils réalisent des opérations exonérées.[1][2]
La situation paraît paradoxale. Un médecin, un infirmier ou un kinésithérapeute peut ne pas être tenu d’émettre de factures électroniques pour ses soins tout en devant disposer d’une plateforme pour les factures qu’il reçoit.
La Direction générale des finances publiques (DGFiP) l’explicite à propos des professionnels réalisant des opérations exonérées : ils restent concernés comme acheteurs professionnels et doivent recevoir les factures de leurs fournisseurs par l’intermédiaire d’une plateforme agréée.[2]
L’Urssaf a relayé la même échéance auprès des praticiens et auxiliaires médicaux dès le printemps 2026, en les invitant à choisir une solution adaptée à leur activité.[3]
Toutefois, toutes les factures d’un cabinet ne basculent pas simultanément. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) doivent émettre au format électronique depuis le 1er septembre 2026, tandis que les petites et moyennes entreprises (PME), très petites entreprises (TPE) et microentreprises ne passeront à l’émission obligatoire qu’au 1er septembre 2027.[4] Un cabinet pourra donc encore recevoir, pendant cette phase transitoire, certaines factures selon les circuits antérieurs.
Le portail public ne remplace pas la plateforme du cabinet
C’est l’un des points qui mérite désormais d’être davantage mis en avant.
Le schéma initial de la réforme prévoyait un rôle plus large pour le Portail public de facturation (PPF). Cette architecture a été revue : le PPF a été recentré sur deux fonctions publiques, l’Annuaire permettant le routage des factures et la concentration des données destinées à l’administration. L’échange des factures entre entreprises repose désormais sur les plateformes agréées.[5]
La loi de finances pour 2026 a inscrit cette architecture dans le Code général des impôts en prévoyant que l’émission et la réception s’effectuent en recourant à une plateforme agréée et que l’État met à disposition un annuaire central recensant les informations nécessaires à l’adressage des factures.[6]
Pour un cabinet, la conséquence est concrète : le portail public n’est pas un guichet permettant de récupérer directement ses factures fournisseurs. Le professionnel doit être rattaché à une plateforme agréée, directement ou par l’intermédiaire d’une solution compatible, d’un logiciel de gestion, de son expert-comptable ou d’un autre prestataire raccordé.[1][6]
Il faut cependant éviter une autre simplification : cette obligation ne signifie pas juridiquement que chaque cabinet devra nécessairement souscrire un abonnement supplémentaire payant. La réglementation impose le recours à une plateforme agréée, mais les modalités commerciales relèvent des prestataires et des solutions déjà utilisées par le professionnel.
L’Annuaire permet de vérifier où arriveront les factures
Le choix d’une plateforme produit une conséquence moins visible mais déterminante : le cabinet devient adressable dans l’Annuaire de la facturation électronique.
Cet annuaire public recense notamment la plateforme de réception associée à chaque structure et ses adresses électroniques de facturation. Les plateformes agréées alimentent et mettent à jour ces informations pour leurs clients.[7]
Le professionnel n’a donc pas, en principe, à effectuer seul une nouvelle « inscription » manuelle dans l’Annuaire. En revanche, il a intérêt à vérifier que sa structure apparaît correctement, qu’une plateforme de réception lui est rattachée et qu’une adresse de facturation active est bien renseignée.
Au démarrage de la réforme, cette étape restait loin d’être purement théorique. Le ministère de l’Économie et des Finances indiquait le 1er septembre 2026 que plus de 4 millions d’entreprises avaient déjà désigné leur adresse de réception et que 66 % du cœur de cible avaient choisi leur plateforme.[8]
Ces chiffres montrent à la fois l’ampleur du basculement et le nombre encore conséquent de structures qui devaient finaliser leurs démarches au moment de l’entrée en vigueur.
Les soins exonérés ne changent pas de régime fiscal
La réforme ne transforme pas les actes médicaux ou paramédicaux exonérés en prestations taxables.
L’article 261 du Code général des impôts (CGI) exonère notamment de TVA les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées.[9]
Pour ces opérations, la réforme ne crée donc pas une nouvelle obligation d’émettre une facture électronique. Elle ne fait pas davantage entrer ces soins dans le e-reporting. L’article 290 du CGI exclut de cette transmission les opérations exonérées en application des articles 261 à 261 E.[10]
Cette précision mérite d’être conservée dans sa formulation exacte. Il ne suffit pas de dire qu’un professionnel est « exonéré » dans l’absolu : c’est l’opération réalisée qui doit être examinée.
Un médecin peut ainsi réaliser dans la même structure des consultations thérapeutiques exonérées et une prestation de conseil entrant dans le champ de la TVA. De la même manière, un kinésithérapeute peut exercer des soins exonérés et percevoir parallèlement certaines redevances ou réaliser d’autres prestations soumises à un régime différent.
Le Conseil national de l’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes insiste précisément sur cette distinction entre actes de soins, activités accessoires soumises à TVA et situations de franchise en base.[11]
FSE et SESAM-Vitale restent hors de ce nouveau circuit
La réforme fiscale ne remplace ni les feuilles de soins électroniques ni SESAM-Vitale.
Pour les médecins libéraux, l’Union régionale des professionnels de santé médecins libéraux Nouvelle-Aquitaine précise que la réforme ne modifie ni la facturation des actes aux patients, ni les FSE, ni la télétransmission SESAM-Vitale, ni les circuits avec l’Assurance Maladie.[12]
Même message pour les infirmiers libéraux. Le Syndicat national des infirmières et infirmiers libéraux (SNIIL) écrivait le 1er septembre 2026 : « Rien ne change en revanche pour vos actes de soins », qui continuent de passer par les FSE et SESAM-Vitale.[13]
Deux chaînes numériques doivent donc être distinguées.
La première concerne les soins et leur prise en charge : FSE, SESAM-Vitale, retours NOEMIE et, selon les professions, transmission de pièces justificatives. La seconde concerne les relations économiques relevant de la réforme fiscale : factures fournisseurs, factures B2B entrant dans le champ du dispositif et données de certaines autres transactions.
Les difficultés liées à la gestion des rejets FSE et des retours NOEMIE restent ainsi rattachées au circuit de l’Assurance Maladie. Il en va de même pour la sécurisation des facturations kiné, des pièces SCOR et des rejets.
Pour les infirmiers libéraux, les évolutions des cotations et de la facturation IDEL issues de l’avenant 11 suivent également leur propre calendrier conventionnel.
Un PDF envoyé par e-mail ne suffit plus
Une confusion persiste autour du mot « électronique ».
Une facture créée sur ordinateur puis jointe à un courrier électronique sous forme de PDF ordinaire n’est pas une facture électronique au sens de la réforme. L’Urssaf rappelle expressément que le nouveau dispositif remplace notamment le PDF ordinaire ou le document envoyé directement par mail.[3]
La facture appelée à circuler dans le nouveau dispositif doit suivre un circuit permettant son traitement dématérialisé, son routage entre plateformes et l’extraction des informations requises par l’administration.
Pour le cabinet, la bonne question n’est donc plus seulement « mon fournisseur m’envoie-t-il ses factures par e-mail ? », mais « quelle plateforme est désignée pour recevoir mes factures électroniques ? ».
La franchise en base ne dispense pas de la réforme
Un professionnel qui exerce une activité entrant dans le champ de la TVA mais bénéficie de la franchise en base ne collecte certes pas la taxe sur les opérations concernées. Il reste néanmoins un assujetti à la TVA.
La DGFiP précise expressément que les franchisés en base, microentrepreneurs ou autoentrepreneurs restent concernés par la réforme en réception et en émission, ainsi que, le cas échéant, par la transmission de données.[14]
Autrement dit, la question des activités annexes ne peut pas être résumée à : « est-ce que je facture effectivement de la TVA ? ».
À partir du 1er septembre 2027, une petite structure qui exerce une prestation entrant dans le champ de la facturation électronique pourra devoir émettre une facture électronique même si elle bénéficie de la franchise en base et porte sur sa facture une mention indiquant que la TVA n’est pas applicable.
Le Conseil national de l’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes donne d’ailleurs la même lecture : les professionnels placés sous le régime de la franchise en base restent concernés par la facturation électronique en réception et en émission pour les activités relevant du dispositif.[11]
Pour un cabinet à activité mixte, l’auto-diagnostic doit donc distinguer au moins trois ensembles : les soins exonérés au titre de l’article 261, les autres opérations entrant dans le champ de la TVA éventuellement réalisées sous franchise en base, et les opérations effectivement soumises à collecte de TVA.
Septembre 2027 concerne surtout les activités annexes
Pour les médecins, infirmiers et kinés dont les recettes proviennent presque exclusivement de soins exonérés, le 1er septembre 2027 ne déclenchera pas mécaniquement une obligation de facturer électroniquement ces soins.
La situation change en revanche lorsque le cabinet réalise des prestations distinctes : conseil, certaines expertises, actes esthétiques dépourvus de finalité thérapeutique, redevances, mises à disposition de locaux ou de moyens, prestations facturées par certaines structures d’exercice.
Toutes ne relèvent pas nécessairement du même régime fiscal. Leur qualification doit être appréciée séparément.
Lorsque l’opération entre dans le champ de la facturation électronique et qu’elle est réalisée entre assujettis établis en France, l’e-invoicing devient la règle à l’échéance applicable à la taille de l’entreprise. Pour les PME et microentreprises, cette échéance est fixée au 1er septembre 2027.[4]
Lorsqu’une opération dans le champ de la TVA est réalisée avec un particulier et ne donne pas lieu à une facture électronique B2B, elle peut en revanche relever du e-reporting. Pour les petites structures, cette obligation suit également l’échéance du 1er septembre 2027.[4][10]
Le travail utile consiste donc à cartographier les recettes du cabinet avant cette date, plutôt qu’à considérer uniformément toute l’activité médicale ou paramédicale comme concernée ou exclue.
Trois fausses obligations à écarter
« Je suis exonéré de TVA, donc la réforme ne me concerne pas »
Faux. L’exonération des soins écarte ces opérations de l’émission et du e-reporting, mais le professionnel reste concerné comme acheteur et doit disposer d’une plateforme pour recevoir les factures entrant dans le dispositif.[2]
« Mes FSE doivent désormais passer par ma plateforme agréée »
Faux. Les FSE et SESAM-Vitale restent dans le circuit de l’Assurance Maladie. La plateforme agréée intervient dans la facturation électronique fiscale, pas dans la télétransmission des feuilles de soins.[12][13]
« Je suis en franchise en base, donc je n’aurai rien à émettre en 2027 »
Faux là encore. La franchise dispense de collecter la TVA dans les conditions prévues par ce régime ; elle ne fait pas sortir l’assujetti de la réforme de la facturation électronique.[14]
Des sanctions existent, mais Bercy annonce une tolérance en 2026
La loi de finances pour 2026 a renforcé le dispositif de sanctions.
Pour un cabinet dont l’activité repose exclusivement sur des soins exonérés, la sanction la plus directement pertinente concerne la réception. Lorsque l’administration constate qu’un assujetti ne respecte pas son obligation de recourir à une plateforme agréée pour recevoir ses factures, elle doit d’abord le mettre en demeure de se conformer à cette obligation dans un délai de trois mois.[6]
Si le manquement persiste après ce délai, une amende de 500 euros peut être appliquée. Une nouvelle mise en demeure est alors adressée ; à l’issue de trois mois supplémentaires, la persistance du manquement expose à 1 000 euros, puis à une nouvelle amende de 1 000 euros après chaque nouvelle période de trois mois suivant une mise en demeure infructueuse.[6]
Pour les professionnels concernés ultérieurement par l’émission ou le e-reporting, d’autres sanctions sont prévues, notamment 50 euros par facture en cas de non-respect de l’obligation d’émission électronique, dans la limite annuelle fixée par le CGI, ou 500 euros par transmission pour certains manquements au e-reporting.[6]
Ces sanctions existent dans les textes, mais leur mise en œuvre doit être distinguée de la politique annoncée pour le démarrage. Le 1er septembre 2026, le ministère a déclaré qu’« aucune sanction ne sera appliquée en 2026 », en présentant les premiers mois comme une phase d’accompagnement.[8]
La tolérance ne vaut donc pas suppression de l’obligation. Elle laisse aux cabinets une période de mise en route, sans modifier la date du 1er septembre.
Pour les cabinets, quatre vérifications suffisent à éviter les principaux contresens
La réforme mérite finalement moins une refonte de la facturation des soins qu’un contrôle méthodique de l’organisation administrative.
Le professionnel doit d’abord identifier la plateforme agréée retenue directement ou par son prestataire habituel. Il peut ensuite vérifier dans l’Annuaire qu’une adresse de réception est bien active. Troisième étape : séparer clairement les soins exonérés des autres recettes. Enfin, les activités annexes doivent être qualifiées fiscalement avant septembre 2027, y compris lorsqu’elles bénéficient de la franchise en base.
Pour la majorité des médecins, infirmiers et kinésithérapeutes dont l’activité demeure centrée sur les soins exonérés, la réforme ne remplace ni la carte Vitale, ni les FSE, ni SESAM-Vitale. Elle ajoute en revanche un nouveau canal obligatoire pour la réception des factures professionnelles.
La nuance est de taille : il n’y a pas une nouvelle facture à produire pour chaque soin, mais il existe bien une démarche à accomplir par le cabinet. Depuis le 1er septembre 2026, celui-ci doit être correctement raccordé au système qui lui permettra de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs.
Références
1. Direction générale des finances publiques, « Facturation électronique et plateformes agréées », consulté le 9 septembre 2026.
2. Direction générale des finances publiques, « Je n’émets pas de facture, ou je facture sans TVA. Suis-je concerné par la réforme de la facturation électronique ? », modifié le 16 janvier 2026.
3. Urssaf, « La facturation électronique : obligatoire au 1er septembre 2026 », mise à jour le 4 juin 2026.
4. Direction générale des finances publiques, « À partir de quand suis-je concerné par la réforme de la facturation électronique ? », modifié le 16 janvier 2026.
5. Direction générale des finances publiques / AIFE, « Facturation électronique – nouvelle version des spécifications externes », 18 décembre 2024.
6. Légifrance, loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026, article 123, 19 février 2026.
7. Ministère de l’Économie et des Finances, « Qu’est-ce que l’annuaire de la facturation électronique ? », 30 septembre 2025.
8. Ministère de l’Économie et des Finances, « La facturation électronique démarre aujourd’hui : priorité à l’accompagnement des entreprises », 1er septembre 2026.
9. Légifrance, article 261 du Code général des impôts, version en vigueur depuis le 1er juillet 2026.
10. Légifrance, article 290 du Code général des impôts, version en vigueur depuis le 21 février 2026.
11. Conseil national de l’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes, « Facturation électronique : quelles obligations pour les kinésithérapeutes ? », 20 août 2026.
12. URPS médecins libéraux Nouvelle-Aquitaine, « Facturation électronique : quels impacts pour les médecins libéraux ? », 9 juillet 2026.
13. SNIIL, « Facturation électronique : 2 dates à retenir », 1er septembre 2026.
14. Direction générale des finances publiques, « Franchisé en base, micro-entrepreneur ou auto-entrepreneur, suis-je concerné par la réforme de la facturation électronique ? », modifié le 16 janvier 2026.
15. Caducee.net, « Rejets FSE et retours NOEMIE : causes, délais et méthode anti-pertes pour le cabinet libéral », 1er juin 2026.
16. Caducee.net, « Facturation kiné : check-list pour éviter les rejets, erreurs SCOR et indus », 30 juin 2026.
17. Caducee.net, « Facturation IDEL : l’avenant 11 revalorise les actes et change les cotations infirmières », 7 mai 2026.