Omicron ou B.1.1.529 : le point sur le nouveau variant « préoccupant » du Coronavirus SARS-COV-2

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du Coronavirus SARS-COV-2 a été mis en évidence à partir des données du GISAID. Identifié d’abord par sa lignée génétique B.1.1.529, l’OMS vient de lui attribuer la lettre Omicron et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies vient de le qualifier de « préoccupant ». En effet, il est porteur de nombreuses mutations génétiques qui seraient susceptibles de le rendre encore plus contagieux que le variant Delta et plus à même d’échapper à l’immunité vaccinale ou induite par une primo-infection. Si les inconnues demeurent, les chercheurs et les épidémiologistes sont en alerte maximale.

08/01

Aux Etats-unis nouveau record d'hospitalisations avec plus de 138 000 personnes.

22 394 lits de soins intensifs occupés pour cause de Covid-19

La situation à New York se détériore et ne suggère pas une moindre sévérité clinique d'Omicron

Source

07/01

Londres : En dépit d’un nombre impressionnant de contaminations par le variant Omicron, le nombre de lits de réanimation occupés par les cas de Covid-19 a peu augmenté dans la capitale anglaise.

18/12

Omicron : forte capacité d’échappement immunitaire, absence de signes de moindre sévérité vs delta et  taux de reproduction supérieur à 3 selon les dernières données anglaises

16/12

• 2 doses de comirnaty de Pfizer resteraient efficaces contre les hospitalisations, mais insuffisantes contre les infections selon Dicovery Health

• Une progression stupéfiante au Royaume Uni

  La directrice de la Health Security Agency du Royaume-Uni, la Dr Jenny Harries, a déclaré devant une commission parlementaire britannique que le variant Omicron se répandait de plus en plus vite sur le territoire. Le nombre de cas double à présent en moins de deux jours alors que les premières estimations étaient de 4 à 5 jours.

  Plus de 4 millions de Britanniques pourraient être contaminés d’ici Noël selon l’agence.

   

  « Ce variant est la menace la plus grande à laquelle nous faisons face depuis le début de la pandémie »

• Le 13 décembre, 79% des tests positifs à Londres étaient liés au Variant Omicron
  
  
• Omicron pourrait être dominant en Europe mi janvier selon Ursula von der Leyen

13/12

En Afrique du Sud, le pic de l’épidémie d’Omicron pourrait être en vue. Selon la professeur Christina Pagel interviewée par le Dailymail, l’augmentation du nombre d’infections quotidiennes est passée sous la barre des 25 % au cours des 4 derniers jours alors que cela ne se s’était pas produit depuis le 15 novembre. Si la tendance exponentielle s’était poursuivie, on aurait dû atteindre un nombre de contaminations quotidien de 19 000. Or le 8/12, 11 700 cas d’infections avaient été diagnostiqués.

Il se pourrait néanmoins que le nombre de cas décelés ait été entravé par le nombre de tests disponibles sur la province de Gauteng.

Le taux de positivité des tests est passé 16,3 à 35 % en une semaine.

À niveau d’incidence comparable, le nombre d’hospitalisations est 60 % en deçà des vagues de delta, ce qui confirmerait l’hypothèse que sur la population de la province de Gauteng, Omicron soit moins enclin à générer des formes modérées à graves de la covid-19.

I called the peak more than a week ago. It is based on a consistent drop in growthrate over many days. It is not based on only 2 data points. pic.twitter.com/WU4c4W3JF8

— pieterstreicher (@pieterstreicher) December 12, 2021

09/12

Un variant hautement transmissible

Dès le 2 décembre, les modèles mathématiques du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies suggéraient que le variant Omicron serait probablement plus transmissible que le variant Delta en raison des nombreuses mutations génétiques qui avaient pu être observées.

Si cette hypothèse semble confirmée par les premières observations épidémiologiques et fait consensus parmi les experts, il est encore trop tôt pour estimer cette transmissibilité avec certitude.

En quelques jours la variant Omicron a été identifié dans plus de 57 pays. Au Royaume-Uni les infections dues à ce variant sont en expansion rapide. Elles doubleraient tous les 3 jours.

En Afrique du Sud, le nombre d’infections à coronavirus SARS COV 2 est passé de 600 le 20 novembre à plus de 11 000 le 6 décembre. Le taux de positivité des tests est passé parallèlement de 2 à 26%. 73% des cas seraient désormais liés au variant Omicron dans la province de Gauteng.

Selon les graphiques du Financial Times, la vague Omicron démarre bien plus rapidement que les précédentes (Cliquez pour zoomer)

Source : Lancet

1 of 6:

Gauteng #Omicron update - 8 December:

The load on hospitals is significantly lower compared to Delta, and with a peak imminent, hospitals will not be overloaded at all.

No restrictions are needed to help hospitals in any way. pic.twitter.com/5drHldlT6c

— pieterstreicher (@pieterstreicher) December 8, 2021

Des capacités d’échappement immunitaire qui se précisent, mais restent à confirmer

L’Africa Health Research Institute a publié une étude en preprint qui a confronté au variant Omicron le sérum d’une dizaine de personnes vaccinées. Il en ressort que les sérums de personnes vaccinés avec 3 doses ou deux doses avec une primo-infection seraient les seuls à être à même de neutraliser ce nouveau variant. Si ces observations semblent directement corrélées au nombre d’anticorps neutralisants observables dans les sérums, elles ne permettent pas de trancher sur une baisse de l’efficacité vaccinale. Seules les études avec des données issues de la vie réelle le permettront.

Pfizer et BioNtech ont annoncé dans un communiqué de presse avoir procédé à une étude équivalente de test de neutralisation de pseudovirus. Si les 2 entreprises restent confiantes sur la capacité des vaccins à protéger contre les formes graves du variant Omicron, elles précisent que 2 doses de BNT162b2 pourraient ne pas être suffisantes pour se prémunir des risques d’infection.

Une troisième dose, en multipliant par 25 les titres d’anticorps, pourrait selon eux conférer une protection plus solide, d’un niveau équivalent à celui conféré par deux doses contre la souche originale du Coronavirus SARS-COV-2.

Michael Ryan, le responsable des urgences de l’Organisation mondiale de la santé se montre également rassurant sur la capacité des vaccins à protéger contre les formes graves.

Il a expliqué à l’AFP « Nous avons des vaccins très efficaces qui ont démontré leur pouvoir contre tous les variants jusqu’à présent, en termes de sévérité de la maladie et d’hospitalisation, et il n’y aucune raison de penser que cela ne serait pas le cas avec Omicron ».

Il précise également que selon les premières observations qui remontent d’Afrique du Sud, les vaccins demeurent tout aussi efficaces que contre le variant delta, voire plus efficaces. Il confirme néanmoins les capacités d’échappement immunitaire du nouveau variant Omicron qui se traduit par un nombre de réinfections plus important que lors des vagues précédentes.

Une virulence incertaine, mais probablement moindre

En Afrique du Sud, si les contaminations sont bien plus rapides que lors des vagues précédentes, ce n’est pas encore le cas des hospitalisations et des décès. Néanmoins il faudra probablement patienter quelques semaines pour avoir des certitudes sur ce point, les formes graves mettant en général 2 semaines à se développer.

Par ailleurs si de bonnes nouvelles sur sa virulence nous parvenaient d’Afrique du Sud, elles ne seraient pas forcément transposables en Europe qui a une population bien plus âgée.

Pour Olivier Véran, même avec une virulence équivalente au variant delta, Omicron finirait par provoquer un nombre important de formes graves du seul fait de sa plus grande transmissibilité. Ce qui augure probablement de nouvelles tensions à venir sur le front hospitalier dans les mois à venir.

1/16
Finalement, pas besoin d'attendre la fin de semaine pour avoir les résultats de neutralisation pour Omicron !...
Mais les nouvelles ne sont pas très bonnes... https://t.co/p215N2y1D5

— Claude-Alexandre GUSTAVE (@C_A_Gustave) December 7, 2021

06/12

• 1368 cas confirmés d’infection avec la variant Omicron confirmé au niveau mondial
• Plus de 300 au Royaume Uni, En progression rapide
• et 183 au Danemark dont une centaine lié à un cluster de personnes dans un restaurant,
• 25 cas confirmés en France : Source SPF
• 2000 personnes mise à l’isolement à l’école International de Genève (Dauphiné)

Mise à jour du 29/11/2021

• 163 cas confirmés dans le monde dont 23 en Europe (Pays Bas, Angleterre, Danemark, Allemagne, Autriche, Italie, Belgique, République tchèque)

   Source

• Dans la province du Gauteng, les hospitalisations pour Covid-19 doublent toutes les semaines depuis 2 semaines

Source

• Des patients plus jeunes et non vaccinés sont hospitalisés

Selon le journal Slate, Rudo Mathivha, chef de l’unité de soins intensifs de l’hôpital Baragwanath de Soweto a décrit lors d’un point presse en ligne un changement de profil des patients qui requièrent une hospitalisation pour Covid-19 : Ils sont plus jeunes et majoritairement non vaccinés ou partiellement vaccinés

« De jeunes gens, âgés de 20 à 30 ans, arrivent avec un tableau clinique modéré à sévère, certains nécessitant des soins intensifs. Environ 65 % d’entre eux ne sont pas vaccinés et la plupart des autres ne sont qu’à moitié vaccinés. »

 Un témoignage qui plaide en faveur de l’hypothèse que les vaccins administrés en Afrique du Sud demeurent efficaces contre le nouveau variant. Néanmoins d’autres données sont nécessaires avant de pouvoir statuer sur les capacités d’échappement immunitaire et la virulence du variant Omicron.

Mise à jour du 28/11/2021 

#OMICRON : les symptômes seraient bénins sur les patients sans facteurs de risque selon le Dr Angélique Coetzee

Un variant extraordinaire par le nombre de ses mutations

Si les nouveaux variants décelés comportent en moyenne de l’ordre de deux mutations par mois par rapport au variant dominant, Omicron ne présente pas moins de 32 mutations, insertions ou délétions de la protéine Spike et une vingtaine de mutations dans les autres parties du génome. Ce qui en termes quantitatifs dépasse largement le variant Delta qui s’était lui-même distingué par une dizaine de mutations par rapport au variant Alpha.

Si le nombre de mutations a de quoi inquiéter les biologistes moléculaires, certaines mutations observées ont déjà été répertoriées comme susceptibles de rendre le coronavirus plus transmissible, plus à même d’échapper aux anticorps induits par l’infection ou la vaccination voire de le rendre plus virulent. Néanmoins rien n’est établi avec certitude à ce stade, car l’effet combiné de l’ensemble de ces mutations peut tout aussi bien avoir un effet contraire ou différent de celui de la somme des effets attendus par chaque mutation.

Un variant originaire d’Afrique du SUD qui se répand de manière exponentielle

Si en termes moléculaires, l’incertitude demeure, les premières observations épidémiologiques réalisées en Afrique du SUD, le berceau de ce variant, laisse à penser qu’il a gagné en contagiosité par rapport au variant Delta.

En effet, l’Afrique du SUD est passée de moins de 300 cas par jour à plus de 2500 cas le 25/11/202. Si par séquençage 59 cas ont été détectés avec certitude dans la Province de Gauteng (Johannesburg) en Afrique du Sud, 90 % des tests PCR pourraient révéler sa présence dans cette région et de l’ordre de 20 à 30 % dans les autres régions d’Afrique du SUD selon lemonde.fr.

Voici à ce jour la liste des cas officiellement détectés

• 59 cas dans la Province de Gauteng (Johannesburg) en Afrique du Sud
• 6 cas au Botswana
• 1 cas détecté à Hong-Kong avec des antécédents de voyage en Afrique du Sud
• 1 cas importé en Israël de retour du Malawi
• 1 cas détecté en Belgique

L’agence de santé de l’Union européenne a estimé, vendredi soir, le risque « élevé à très élevé » qu’il se répande en Europe.

Samedi 27 novembre 61 cas de coronavirus ont été détectés sur 600 passagers en provenance d’Afrique du SUD et à destination d’Amsterdam. Les passagers positifs sont confinés dans l’avion, les négatifs ont pu rentrer chez eux.

Sur le sujet : #OMICRON : les symptômes seraient bénins sur les patients sans facteurs de risque

Un variant probablement né à l’occasion d’une infection prolongée

Plusieurs experts s’accordent à penser que pour avoir autant de mutations, ce variant provient d’une infection qui aurait duré plusieurs mois. En effet un article paru dans Science au mois de septembre suggérait que les patients immunodéprimés par un VIH ou un cancer par exemple pouvaient se transformer en incubateurs de variants à la faveur de la persistance dans l’organisme du virus pendant des mois. Or l’Afrique du Sud présente deux facteurs favorisant une telle hypothèse : une incidence du VIH parmi les plus élevées au monde et de grandes difficultés d’accès aux soins.

« Lorsqu’on voit l’apparition d’un grand nombre de mutations d’un coup, comme cela, on pense à une émergence chez un patient immunodéprimé infecté sur le long terme, rappelle Étienne Simon-Lorière pour le Figaro. Mais on ne pourra jamais le prouver. On ne peut jamais exclure une accumulation progressive de mutations qui serait passée sous le radar des activités de séquençage, même si cela paraît peu probable. »

Alex Sigal, de l’Institut africain de recherche sanitaire à Durban, en Afrique du Sud confie au journal lemonde« Mon hypothèse est que ce virus vient d’une personne infectée durant une longue période sans parvenir à éliminer le virus… C’est un virus ancien avec un ensemble de mutations caractéristiques de l’échappement au système immunitaire. C’est ce qui m’inquiète le plus ».