Arrêts longs et ALD : qui restera indemnisé trois ans et qui passera à un an ?

À partir du 15 octobre 2026, le régime général distinguera les affections de longue durée (ALD) exonérantes et non exonérantes pour fixer la durée maximale des indemnités journalières (IJ). Les premières resteront indemnisables jusqu’à trois ans ; les secondes, lorsqu’elles relèvent de la procédure de l’article L. 324-1 sans exonération du ticket modérateur, seront plafonnées à un an. Ce décret ne réduit pas la durée médicalement prescriptible d’un arrêt : il réduit la période pendant laquelle l’Assurance maladie peut verser les IJ.

À retenir (lecture rapide)

• Dans le régime général, les ALD exonérantes conservent trois ans d’IJ ; les non exonérantes passent à un an.
• Le régime transitoire dépend des droits déjà reconnus au 15 octobre, pas de la seule ancienneté de l’arrêt.
• Après épuisement des IJ, invalidité, prévoyance et reprise adaptée restent soumises à leurs propres conditions.
• Le temps partiel thérapeutique peut prolonger l’indemnisation, mais suppose une reprise effective.
• Les professionnels libéraux obéissent à des règles spécifiques et ne doivent pas être assimilés au cas-type salarié.

Arrêts longs : le plafond des IJ change, pas la durée de prescription

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 réécrit l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale. À compter du 15 octobre, les IJ pourront être servies pendant trois ans pour les affections relevant de L. 324-1 avec exonération au titre des 3° et 4° de L. 160-14, contre un an sans cette exonération. Pour la même affection, une reprise du travail d’au moins un an sera nécessaire pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation. ^[1][2]

Cette durée d’indemnisation ne doit pas être confondue avec la durée de chaque prescription. Depuis le 1er septembre, une prescription initiale est en principe limitée à 31 jours et une prolongation à 62 jours, avec dérogation possible lorsqu’une durée supérieure est médicalement justifiée. Les plafonds de 31 et 62 jours et l’obligation de renseigner le motif médical relèvent d’un autre dispositif. ^[3]

Depuis le 19 septembre, le même décret permet aussi de sanctionner un assuré qui cherche à obtenir un arrêt non justifié par son état de santé. Cette disposition est distincte du nouveau plafond des arrêts longs. ^[1]

La logique budgétaire est explicite dans les travaux préparatoires. Le projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) pour 2026, reprenant des données de la Caisse nationale de l’Assurance maladie (CNAM), chiffrait les IJ liées aux ALD non exonérantes à 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts en 2023 et indiquait une hausse annuelle de plus de 6,4 % du nombre d’arrêts concernés. Le projet initial proposait de supprimer le compteur dérogatoire et de revenir aux 360 IJ sur trois ans du droit commun ; cette disposition a été supprimée lors de l’examen parlementaire. Le décret de septembre retient finalement un autre mécanisme : il maintient la procédure L. 324-1, mais ramène à un an la période maximale des ALD non exonérantes. ^[4][5]

ALD exonérante ou non exonérante : trois ans d’IJ ou un an

Une ALD exonérante ouvre, pour les soins liés à l’affection, une prise en charge à 100 % de la base de remboursement de la Sécurité sociale. Une ALD non exonérante peut elle aussi nécessiter des soins ou une interruption de travail de plus de six mois, sans suppression du ticket modérateur : les soins restent alors remboursés aux taux habituels. ^[6]

Jusqu’ici, cette différence de remboursement n’empêchait pas les deux catégories d’ouvrir, sous les conditions prévues par L. 324-1, une période dérogatoire pouvant atteindre trois ans d’IJ. À compter du 15 octobre, la distinction devient aussi une frontière dans la durée du revenu de remplacement.

Un patient pourra donc rester médicalement incapable de reprendre son activité alors que ses droits aux IJ auront atteint leur plafond après un an. MG France a contesté cette dissociation, estimant qu’une fin d’indemnisation ne signifie pas la disparition de l’incapacité et peut laisser certains patients sans relais immédiat de revenu. ^[7]

15 octobre 2026 : quels arrêts resteront indemnisables trois ans ?

Le nouveau régime s’appliquera aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre ainsi qu’aux arrêts déjà en cours dont l’incapacité atteindra six mois à compter de cette date. ^[1][8]

Pour les arrêts déjà longs, le décret protège les assurés qui, au 15 octobre, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure L. 324-1 sans exonération au titre de L. 160-14. Ils conservent l’ancien plafond de trois ans jusqu’au terme de la période ouverte. ^[1]

Le Code du travail numérique résume cette transition en indiquant que les salariés déjà arrêtés depuis plus de six mois au 15 octobre restent soumis aux anciennes règles. Les deux formulations ne sont toutefois pas strictement interchangeables : l’Assurance maladie précise que la poursuite de l’indemnisation au-delà de six mois nécessite l’accord du service médical. Pour un dossier proche de la date d’entrée en vigueur, il faut donc vérifier la reconnaissance effective de L. 324-1 plutôt que la déduire du seul nombre de mois d’arrêt. ^[6][8][9]

Le tableau suivant décrit le cas-type d’un salarié du régime général. Les régimes spécifiques sont détaillés plus bas.

Cas pratique 1 : un arrêt prescrit après le 15 octobre

Une salariée est arrêtée le 3 novembre 2026. Son affection relève ensuite de L. 324-1 sans exonération du ticket modérateur. Sous réserve des autres conditions, la période dérogatoire de versement des IJ sera plafonnée à un an. La persistance de l’incapacité médicale ne prolongera pas, à elle seule, ce droit. ^[1][2]

Cas pratique 2 : une procédure déjà reconnue

Un salarié est en arrêt depuis le 1er avril 2026 et le bénéfice de L. 324-1 lui a déjà été reconnu avant le 15 octobre pour une affection non exonérante. Il reste sous l’ancien plafond de trois ans : ses IJ ne sont ni interrompues le 15 octobre ni rétroactivement ramenées à douze mois. ^[1][8]

Après un an d’IJ : temps partiel thérapeutique, invalidité et prévoyance

L’épuisement du droit aux IJ ne signifie ni guérison, ni aptitude au poste, ni ouverture automatique d’une pension d’invalidité.

Le temps partiel thérapeutique peut permettre une reprise progressive. L’article R. 323-3, modifié par le décret, prévoit que la durée maximale des IJ pendant cette reprise peut aller jusqu’à un an au-delà des périodes prévues par R. 323-1. Il ne s’agit pas d’une deuxième année garantie d’arrêt complet : une reprise effective à temps partiel et les conditions propres au dispositif restent nécessaires. ^[2]

L’invalidité répond à d’autres critères. Pour un salarié, elle suppose notamment une réduction d’au moins deux tiers de la capacité de travail ou de gain, ainsi que des conditions administratives. L’arrivée au terme des IJ ne vaut donc ni reconnaissance automatique de l’invalidité ni décision d’inaptitude au poste. ^[10]

Le maintien de salaire et la prévoyance doivent également être vérifiés séparément. Le complément légal de l’employeur est limité dans le temps selon l’ancienneté ; conventions collectives et contrats de prévoyance peuvent prévoir des garanties plus favorables. Aucun de ces dispositifs ne constitue un relais uniforme au treizième mois. ^[11]

Si aucune autre prestation n’est ouverte alors que la reprise reste impossible, la fin des IJ peut provoquer une rupture de ressources. La réforme réduit ainsi de deux ans la période maximale d’arrêt complet indemnisable pour les nouvelles situations non exonérantes relevant de L. 324-1, ce qui avance d’autant la nécessité d’organiser reprise adaptée, reclassement ou examen d’autres droits.

Indépendants, professions libérales et agents publics : des règles spécifiques

Le décret n° 2026-866 modifie le droit commun et coordonne aussi le régime des clercs et employés de notaires. Les salariés agricoles reçoivent les prestations maladie du Code de la sécurité sociale par le renvoi de l’article L. 742-3 du Code rural et de la pêche maritime. ^[1][12]

Le décret n° 2026-867 adapte parallèlement la réforme aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes et membres de congrégations ou collectivités religieuses, ainsi qu’à certaines situations concernant les fonctionnaires de l’État et les magistrats. ^[13]

Pour les professionnels libéraux relevant de L. 640-1, une règle spécifique demeure : pour une même incapacité de travail, l’IJ de base ne peut être servie que pendant 87 jours consécutifs. R. 323-1 leur est par ailleurs applicable par renvoi, à l’exception de son 1° pour ces assurés. Ils ne doivent donc pas être assimilés au cas-type d’un salarié pouvant recevoir des IJ sans interruption pendant un ou trois ans. ^[14][15]

Pour les fonctionnaires de l’État et les magistrats, le décret ne ramène pas globalement à un an les congés statutaires de maladie, de longue maladie ou de longue durée. Il adapte des prestations en espèces applicables dans des situations particulières. ^[13]

Médecins : anticiper la fin des IJ et le maintien en emploi

Au-delà de six mois, la poursuite des IJ est soumise à l’accord du service médical. Le médecin traitant peut être sollicité pour établir le protocole de soins. Le médecin du travail intervient sur la reprise, l’aménagement du poste ou du temps de travail et le reclassement ; ces démarches peuvent commencer pendant l’arrêt. ^[6][9][16]

Depuis 2026, cette articulation s’inscrit aussi dans un partage ciblé de données entre contrôle médical et santé au travail, sous condition de consentement et pour certaines situations d’arrêt long. ^[17]

Pour le prescripteur, trois points deviennent particulièrement utiles à anticiper : la reconnaissance formelle de L. 324-1, la probabilité d’une reprise avant douze mois et la nécessité de mobiliser suffisamment tôt la santé au travail ou le service social. La justification médicale de l’arrêt et le droit financier aux IJ sont désormais, pour les ALD non exonérantes, deux temporalités plus nettement dissociées.

Références

1. Légifrance, Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus, Journal officiel du 18 septembre 2026.
2. Légifrance, Code de la sécurité sociale, chapitre « Prestations en espèces », articles R. 323-1 à R. 323-12, rédaction de R. 323-1 et R. 323-3 issue du décret n° 2026-866.
3. Légifrance, Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières, Journal officiel du 13 juin 2026.
4. Assemblée nationale, Projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, n° 1907, 14 octobre 2025.
5. Assemblée nationale, Compte rendu de la troisième séance du 9 novembre 2025, 9 novembre 2025.
6. Assurance Maladie, Qu’est-ce qu’une affection de longue durée ?, 5 juin 2026.
7. Egora, « Un patient privé d’indemnités ne guérit pas pour autant », dénoncent les généralistes de MG France, 11 septembre 2026.
8. Code du travail numérique, Indemnisation en cas d’arrêt maladie : ce qui change au 15 octobre 2026, 18 septembre 2026.
9. Assurance Maladie, Arrêt de travail long, supérieur à 6 mois, 9 janvier 2026.
10. Assurance Maladie, La pension d’invalidité : définition et conditions d’accès, 15 janvier 2026.
11. Service Public, Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié, vérifié le 1er juin 2026.
12. Légifrance, Code rural et de la pêche maritime, article L. 742-3, version en vigueur en septembre 2026.
13. Légifrance, Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 relatif à la réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail, Journal officiel du 18 septembre 2026.
14. Légifrance, Code de la sécurité sociale, article D. 622-11, version en vigueur en septembre 2026.
15. Légifrance, Code de la sécurité sociale, article D. 622-12, version en vigueur en septembre 2026.
16. Service Public, Un salarié doit-il passer une visite médicale après un arrêt de travail ?, vérifié le 31 août 2026.
17. Caducee.net, Arrêts de travail 2026 : un partage de données ciblé, sous condition de consentement, 5 mai 2026.