Origines du SARS-CoV-2 : la zoonose reste l’hypothèse dominante, mais le dossier demeure incomplet
À retenir (lecture rapide)
• Le SAGO juge que la majorité des données évaluées étaye l’hypothèse d’une origine zoonotique, sans certitude définitive.[1]
• Le marché de Huanan a joué un rôle majeur dans les premiers foyers, avec « more than 60% » des cas précoces liés au site en décembre 2019.[1]
• Le scénario d’une introduction via des biens importés n’est pas soutenu par les preuves scientifiques disponibles.[1]
• Pour l’hypothèse d’un accident de laboratoire, des informations essentielles n’ont pas été communiquées à l’OMS et au SAGO.[1][3]
• Les auteurs ne trouvent pas d’éléments rendant une manipulation délibérée plus probable qu’une émergence naturelle par mutations ou recombinaisons.[1]
Une tribune rare, à la frontière du scientifique et du politique
Le texte publié dans Nature ne ressemble pas à une simple revue de littérature : ses signataires sont d’anciens membres du SAGO qui rappellent avoir remis à l’OMS, en juin 2025, un rapport de 78 pages consacré aux origines du SARS-CoV-2.[1] Ils mentionnent aussi une dissension interne : quatre contributeurs ont quitté le processus final, dont trois refusant d’évaluer la piste de fuite de laboratoire au motif d’une absence de preuves ; une signataire demande que son désaccord soit formalisé.[1] Dans l’article, cette dernière est identifiée par ses initiales — M.G.G. —, correspondant à Maria G. Guzman (Cuba), dont la dissension concernant l’évaluation des hypothèses de fuite de laboratoire doit, selon elle, être explicitement notée.[1] La communication autour du rapport indique également que trois experts ont choisi de ne pas apposer leur nom au rapport final ; ils provenaient de Russie, de Chine et du Cambodge.[11]
Cette controverse n’est pas seulement académique, insiste l’OMS. Le rapport de juin 2025 est présenté comme le travail d’un panel « indépendant » d’experts internationaux, mais l’OMS — par la voix de son directeur général — maintient que, tant que les informations demandées ne sont pas accessibles, aucune hypothèse ne peut être définitivement écartée.[3]
« Dans l’état actuel des choses, toutes les hypothèses doivent être envisagées, y compris une transmission zoonotique et une fuite d’un laboratoire. »[3]
« Il ne s’agit pas seulement d’une entreprise scientifique, mais aussi d’un impératif moral et éthique », l’établissement des origines conditionnant la prévention des pandémies futures.[3]
Hypothèse 1 : une zoonose, aujourd’hui la mieux étayée
Indices génomiques et contexte écologique
Les auteurs rappellent que des souches apparentées ont été détectées chez des chauves-souris Rhinolophus en Asie du Sud-Est. Ils citent notamment RaTG13 (96,1 % d’identité génétique avec le SARS-CoV-2, identifié en 2013 en Chine) et BANAL-52 (96,8 %, identifié en 2020 au Laos).[1] Cette proximité génétique, même imparfaite, soutient l’existence d’un réservoir viral et d’une diversité susceptible de favoriser un franchissement de barrière d’espèce, directement ou via un hôte intermédiaire.
Sur le plan moléculaire, la tribune insiste sur la recombinaison, caractéristique des sarbécovirus. Elle rappelle que des virus décrits au Laos en 2022 présentent des domaines de liaison au récepteur très proches de celui du SARS-CoV-2, suggérant qu’une capacité d’entrée cellulaire compatible avec l’ACE2 humain pouvait exister avant l’émergence clinique.[1]
Le marché de Huanan : un épicentre précoce, sans preuve d’un « premier » cas
« Nous savons aussi que le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, a joué un rôle notable dans les premières transmissions et la diffusion initiale du virus. »[1]
Le groupe documente l’ampleur du lien : « More than 60% of the known earliest human cases in December 2019 » concernaient des personnes travaillant au marché, y ayant effectué des achats, vivant à proximité ou présentant un lien épidémiologique identifié.[1]
« Au moins 175 personnes ont été diagnostiquées avec la maladie… avant le 1er janvier 2020 ».[1]
Le texte évoque aussi la présence de deux lignages distincts dans des échantillons associés au marché et dans des prélèvements environnementaux en janvier 2020, ce qui « étaye l’idée que le virus avait déjà évolué chez l’animal avant d’atteindre le marché ».[1]
Les séquençages métagénomiques réalisés sur des prélèvements collectés avant la désinfection du site le 1er janvier 2020 identifient plusieurs espèces susceptibles d’être sensibles aux souches précoces — dont des chiens viverrins (raccoon dogs), des rats bambous et des civettes palmistes — tout en laissant entière la question du chaînage exact des contaminations.[1] De fait, plusieurs travaux académiques ont renforcé l’hypothèse d’un rôle central du marché dans la phase initiale, via des reconstructions spatio-temporelles et l’analyse des échantillons environnementaux.[5][6][7]
« il reste toutefois incertain que le virus ait d’abord infecté des humains à Huanan, ou que l’événement de débordement zoonotique se soit produit plus tôt ».[1]
Autrement dit, l’épicentre de diffusion n’établit pas, à lui seul, le lieu ni le moment du premier franchissement de barrière.
Hypothèse 2 : l’introduction via des biens importés, un scénario relégué
Le SAGO rappelle que le rapport OMS–Chine de 2021 et le rapport SAGO de 2022 estimaient que des données supplémentaires seraient nécessaires pour soutenir l’hypothèse d’une introduction via des biens importés.[1][4] La tribune actualise ce bilan :
« nous concluons que les preuves scientifiques disponibles n’étayent pas cette hypothèse ».[1]
Le raisonnement est principalement temporel. Oui, le SARS-CoV-2 a été détecté sur certains produits surgelés, mais plusieurs mois après le début de la pandémie, à un moment où le virus circulait déjà largement chez l’humain — ce qui rend plausible une contamination secondaire des surfaces, plutôt qu’une introduction initiale.[1]
Hypothèse 3 : accident de laboratoire, une évaluation incomplète faute d’accès aux informations clés
Sur la piste d’un accident de laboratoire, la tribune ne conclut pas ; elle précise ce qui manque pour conclure :
« Une grande partie des informations nécessaires pour évaluer cette hypothèse n’a pas été mise à la disposition de l’OMS ni du SAGO ».[1]
La liste est concrète : dossiers de santé du personnel, protocoles de biosécurité et de biosûreté, audits ou inspections indépendantes permettant de vérifier les conditions de sécurité des laboratoires de Wuhan, notamment le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies à Wuhan et l’Institut de virologie de Wuhan.[1]
Dans sa communication de juin 2025, l’OMS insiste sur la même lacune documentaire et dit attendre de la Chine qu’elle partage des informations permettant de mener une analyse complète de toutes les hypothèses.[3] Pékin conteste ce cadrage : le 30 juin 2025, la Commission nationale de la santé chinoise a déclaré que l’« évaluation indépendante » publiée par le SAGO « ne [trouvait] aucune nouvelle preuve » sur l’origine du SARS-CoV-2, et a rejeté une partie du document, qu’elle juge entachée de « fausses informations » et de « spéculations subjectives ».[12]
Les auteurs s’arrêtent enfin sur l’usage public des rapports de renseignement :
« les rapports de renseignement publiés… relèvent de la spéculation. Aucun n’apporte de preuve concrète d’une violation ».[1]
Ils notent que ces documents attribuent des niveaux de confiance variables et aboutissent à des conclusions divergentes, « seemingly on the basis of political rather than scientific arguments ».[1]
Hypothèse 4 : manipulation délibérée, absence d’éléments en faveur d’un scénario plus probable
Le groupe indique avoir examiné la structure génomique et la plausibilité d’une manipulation par génétique inverse. Sa conclusion se veut prudente et centrée sur l’état des preuves : « We did not find evidence to suggest that SARS-CoV-2 resulting from experimental manipulation was a more likely scenario than it emerging from naturally occurring mutations or recombination events. »[1]
Le passage consacré au motif de clivage par la furine illustre la logique. Les auteurs rappellent qu’un motif polybasique RRAR n’apparaît pas dans les autres sarbécovirus décrits, tout en soulignant qu’un tel élément pourrait être acquis par recombinaison ; ils ajoutent que des éléments de clivage par la furine existent couramment dans la protéine Spike d’autres sous-genres de bêtacoronavirus (dont HKU1, OC43 et MERS-CoV). Ils en déduisent que « la seule présence du site de clivage par la furine dans le SARS-CoV-2 ne confirme pas une origine de laboratoire ».[1]
Une enquête inachevée, des enseignements immédiatement opérationnels
Le débat sur l’origine ne relève pas seulement de l’attribution, mais de la prévention. Si une zoonose reste, à ce stade, l’hypothèse la mieux étayée, la leçon sanitaire est double : renforcer la surveillance des interfaces faune–élevage–humain (approche One Health) et préserver, dès les premières semaines, la capacité à mener des investigations environnementales rapides avant que les lieux, les animaux et les chaînes logistiques ne soient modifiés.
La science, en outre, dépend de la disponibilité des données. L’argument du SAGO sur la piste laboratoire n’est pas une affirmation, mais une exigence de vérification : sans documents primaires, l’évaluation reste contrainte, et la controverse prospère sur des raisonnements indirects.[1][3] Dans la même logique, l’expérience de la pandémie a montré combien le suivi génomique peut structurer la compréhension d’une crise — et ses marges d’incertitude —, comme le rappelle la génomique dans la lutte contre la Covid-19.[9]
Enfin, l’enquête sur les origines a un corollaire très concret pour les systèmes de santé : disposer d’une surveillance capable de détecter l’émergence, puis d’en suivre la diversification. Sur ce volet, surveiller les variants du SARS-CoV-2 : comment et pourquoi rappelle les enjeux méthodologiques — et, implicitement, ce qui se perd lorsque les données manquent ou arrivent trop tard.[10]
Références
1. Nature — « COVID’s origins: what we do and don’t know » — 26 février 2026. https://www.nature.com/articles/d41586-026-00530-y
2. Organisation mondiale de la santé (OMS) — « Independent assessment of the origins of SARS-CoV-2 (SAGO) » — 27 juin 2025. https://www.who.int/publications/m/item/independent-assessment-of-the-origins-of-sars-cov-2-from-the-scientific-advisory-group-for-the-origins-of-novel-pathogens
3. Organisation mondiale de la santé (OMS) — « WHO scientific advisory group issues report on origins of COVID-19 » — 27 juin 2025. https://www.who.int/news/item/27-06-2025-who-scientific-advisory-group-issues-report-on-origins-of-covid-19
4. Organisation mondiale de la santé (OMS) — « WHO-convened global study of origins of SARS-CoV-2: China part » — 30 mars 2021. https://www.who.int/publications/i/item/who-convened-global-study-of-origins-of-sars-cov-2-china-part
5. Science — Worobey et al. — « The Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan was the early epicenter of the COVID-19 pandemic » — 2022. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8715
6. Nature — Liu et al. — « Surveillance of SARS-CoV-2 at the Huanan Seafood Market » — 2024. https://www.nature.com/articles/s41586-023-06043-2
7. Cell — Crits-Christoph et al. — « Genetic tracing of market wildlife and viruses at the Huanan market » — 2024. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00901-2
8. Reuters — « WHO says probe into COVID-19 virus origin still ongoing » — 27 juin 2025. https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/who-says-probe-into-covid-19-virus-origin-still-ongoing-2025-06-27/
9. Caducee.net — « La génomique dans la lutte contre la Covid-19 » — 25 septembre 2020. https://www.caducee.net/actualite-medicale/15167/la-genomique-dans-la-lutte-contre-la-covid-19.html
10. Caducee.net — « Surveiller les variants du SARS-CoV-2 : comment et pourquoi » — 19 mars 2021. https://www.caducee.net/actualite-medicale/15385/surveiller-les-variants-du-sars-cov-2-comment-et-pourquoi.html
11. CIDRAP (University of Minnesota) — « WHO COVID origins panel focuses on 2 hypotheses amid big data gaps » — 27 juin 2025. https://www.cidrap.umn.edu/covid-19/who-covid-origins-panel-focuses-2-hypotheses-amid-big-data-gaps
12. National Health Commission of the People’s Republic of China — « China National Health Commission does not Approve Part of the SAGO’s “Independent Assessment” » — 30 juin 2025. https://en.nhc.gov.cn/2025-06/30/c_86491.htm
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