Docteurs juniors : la quatrième année de médecine générale démarre sous tension

Les premiers docteurs juniors de médecine générale ont pris leurs fonctions le 2 novembre 2026. Le gouvernement annonçait « plus de 3 000 » arrivées en novembre, mais les données d'appariement du Collège national des généralistes enseignants (CNGE) en prévoyaient 2 682. Trois jours avant la rentrée, un arrêté précisait encore le circuit de paiement des primes des maîtres de stage. Les cabinets doivent maintenant concilier consultations, supervision et nouvelles démarches de facturation.[1][2][3][4]

À retenir (lecture rapide)

• La quatrième année d'internat a débuté le 2 novembre, avec 2 682 entrées prévues par le CNGE.
• Depuis l'arrêté du 30 octobre, les caisses d'assurance maladie assurent le paiement des primes complémentaires des maîtres de stage.
• Une prime de 500 € par semestre est conditionnée à 200 actes mensuels en moyenne ; l'encadrement doit rester effectif.
• Les syndicats signalent des difficultés administratives et pédagogiques, sans données nationales permettant encore d'en mesurer l'ampleur.

Quatrième année d'internat : 2 682 arrivées prévues, des effectifs encore incertains

La réforme, créée par la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2023, ajoute une quatrième année au diplôme d'études spécialisées (DES) de médecine générale. Cette phase de consolidation comporte deux semestres, normalement dans un même lieu de stage, et se déroule principalement en soins ambulatoires, sauf dérogation liée au projet professionnel.^[1]

Dans son communiqué du 14 octobre, le ministère de la Santé assurait que « plus de 3 000 » docteurs juniors commenceraient leur dernière année dès le 1er novembre, dont 80 % en zone d'intervention prioritaire (ZIP), en zone d'action complémentaire (ZAC) ou dans un quartier prioritaire de la politique de la ville (QPV). Interrogé par Egora, le cabinet ministériel a ensuite évoqué « un peu moins de 3 000 » et indiqué qu'il s'agissait d'un arrondi. Les premières prises de fonctions en cabinet ont eu lieu le lundi 2 novembre.^[2][3]

Les chiffres du CNGE sont plus détaillés. Au troisième tour de l'appariement, 2 535 internes avaient obtenu une affectation parmi 2 568 participants ; 33 restaient à placer lors du quatrième tour. En ajoutant ces 33 internes, à condition qu'ils aient tous été affectés, et 114 départs en inter-CHU, le total attendu en novembre atteint 2 682. Le ministère prévoit 591 arrivées supplémentaires en mai 2027, soit 3 273 entrées sur l'année universitaire selon ces projections. Il ne s'agit pas d'un bilan des arrivées effectivement constatées.^[3]

La trajectoire de la promotion demeure moins lisible. Egora rapporte environ 3 800 inscrits au début de l'internat en 2023, contre quelque 3 400 à la fin de la phase d'approfondissement selon le président du CNGE. Celui-ci évoque 28 % d'internes concernés par un décalage de parcours. En appliquant ce pourcentage aux 3 400 puis en retranchant les 591 arrivées prévues en mai, Egora obtient environ 360 internes sans échéance connue. Ce chiffre est une estimation, non un recensement : les bases et les arrondis ne se raccordent pas directement au total prévu de 3 273. Il serait donc abusif d'y voir 360 étudiants définitivement « perdus » pour la quatrième année.^[3]

Rémunération des maîtres de stage : les CPAM paient désormais les primes complémentaires

L'arrêté du 26 octobre, publié le 30, change surtout le circuit de paiement. L'instruction interministérielle du 21 mai présentait les composantes de rémunération des praticiens agréés maîtres de stage des universités (PAMSU) comme versées par l'université. Désormais, l'arrêté désigne les organismes locaux d'assurance maladie pour les primes et compensations supplémentaires. Les honoraires pédagogiques de 600 € bruts mensuels par étudiant, versés par l'unité de formation et de recherche (UFR), restent hors de ce circuit. Cette répartition s'inscrit dans le dispositif de facturation prévu à l'article 60 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026.^[1][4][5]

Les montants des principales primes étaient connus avant la rentrée : 800 € bruts par mois de stage en ZIP, ZAC ou QPV, et 400 € bruts mensuels pour la supervision de la permanence des soins ambulatoires (PDSA), lorsque les conditions sont remplies. Une compensation de 300 ou 600 € bruts par mois est prévue selon la proportion de patients bénéficiant d'une exonération ou d'une prise en charge du ticket modérateur ; elle peut désormais être calculée à partir de la patientèle de la structure de premiers recours, et pas seulement de celle du médecin. Une compensation de 550 € bruts mensuels concerne également les cabinets des trois départements soumis au régime local d'Alsace-Moselle.^[4]

La proratisation entre plusieurs maîtres de stage, déjà prévue pour les honoraires pédagogiques, s'étend aux primes et compensations. Si le PAMSU accueille le docteur junior dans le cadre d'une activité salariée au sein d'un centre ou d'une maison de santé pluriprofessionnelle, ces rémunérations supplémentaires sont dues à la personne morale employeuse. Les règles d'attribution ne sont donc pas identiques pour tous les modes d'exercice.^[4]

Sébastien Adnot, secrétaire général adjoint de MG France, parlait auprès d'Egora d'« éclaircissements ». Il soulevait néanmoins deux difficultés : comment les caisses calculeront-elles le temps passé auprès de plusieurs PAMSU, et à quelle échéance verseront-elles les primes ? Il rapportait qu'un premier versement de certaines primes territoriales pourrait n'arriver qu'après un trimestre. Ce sont des inquiétudes et des indications recueillies avant la rentrée, non un constat de retards déjà généralisés.^[6]

Thèse et inscription à l'Ordre : une dérogation possible, pas automatique

Le calendrier de soutenance des thèses a également perturbé certains parcours. Selon l'Intersyndicale nationale autonome représentative des internes de médecine générale (ISNAR-IMG), citée par Egora, des disponibilités imposées faute de soutenance à temps ont été signalées dans six des 24 subdivisions représentées ; trois autres ont fait état de stages supplémentaires imposés. Jusqu'à une dizaine d'internes auraient été concernés dans certaines subdivisions, sans décompte national établi.^[3]

Les trois premières promotions peuvent pourtant bénéficier d'une dérogation collective permettant de soutenir leur thèse jusqu'à la fin de la phase de consolidation. Elle n'est pas automatique : le président de l'université doit l'autoriser, sur proposition du directeur d'UFR, lorsque les conditions réglementaires sont réunies. La circulaire du Conseil national de l'Ordre des médecins du 21 mai précise un point décisif : dans ce cadre dérogatoire, les étudiants ayant validé leur phase d'approfondissement peuvent être nommés docteurs juniors sans avoir encore soutenu leur thèse, puis demander leur inscription au tableau spécial. Le formulaire ordinal prévoit expressément la situation « thèse non soutenue ».^[1][7]

Les consignes locales n'ont pas toujours été cohérentes. Un support pédagogique du département de médecine générale de Nantes, daté de juin 2026, présentait encore la possession du diplôme de thèse comme une condition de l'inscription au tableau des docteurs juniors. Cette diapositive ne saurait prévaloir sur la circulaire nationale, mais elle illustre le risque de lectures contradictoires pour les étudiants et les gestionnaires.^[7][8]

Rémunération des docteurs juniors : la prime d'activité face aux exigences de formation

Le docteur junior consulte en autonomie supervisée, sous la responsabilité d'un PAMSU qui doit rester joignable et pouvoir intervenir. Ses obligations de service représentent dix demi-journées par semaine en moyenne sur le trimestre, dont une pour la formation universitaire et une pour la consolidation personnelle des connaissances. Le PAMSU peut encadrer au maximum deux étudiants de troisième cycle à temps plein simultanément, à condition de pouvoir leur consacrer un suivi pédagogique de qualité.^[1]

La rémunération du docteur junior comprend 2 375 € bruts d'émoluments mensuels et 5 000 € bruts annuels de prime d'autonomie supervisée. Une indemnité de 1 000 € bruts par mois peut s'ajouter pour un stage ambulatoire en ZIP, sans cumul avec certaines indemnités de transport et d'hébergement. Une prime forfaitaire de 500 € bruts par semestre est conditionnée à la réalisation de 200 actes ou consultations par mois en moyenne sur le semestre.^[1]

Ce seuil d'activité mérite d'être rapproché d'une autre règle : l'agrément du terrain de stage doit être réexaminé lorsque l'activité constatée dépasse durablement 2 400 consultations par semestre, soit l'équivalent arithmétique de 400 consultations mensuelles sur six mois. Il ne s'agit ni d'un minimum d'actes obligatoire pour l'étudiant, ni d'un plafond automatique d'activité. Le dispositif récompense néanmoins un certain volume de soins tout en affirmant la nécessité de préserver le temps d'apprentissage.^[1]

Facturation des docteurs juniors : cartes professionnelles et logiciels à l'épreuve

La loi de financement pour 2026 prévoit la facturation des consultations du docteur junior aux tarifs opposables, pour le compte du PAMSU ou de la structure agréée, avec tiers payant sur la part obligatoire. Cette part prise en charge par l'assurance maladie n'est pas reversée au cabinet au titre de ces actes. Les tickets modérateurs reviennent au PAMSU en cabinet libéral, tandis qu'ils sont perçus par le centre de santé lorsque le stage s'y déroule. L'instruction ministérielle donne un ordre de grandeur : 210 consultations mensuelles représentent, dans son exemple fondé sur des moyennes, environ 1 200 € de tickets modérateurs. Ce n'est pas un revenu garanti.^[1][5]

Chaque docteur junior doit utiliser sa propre carte de professionnel de santé en formation, et non celle de son maître de stage. Pour les centres de santé, l'instruction subordonne l'agrément à un engagement de mise à jour des postes vers la dernière version de SESAM-Vitale, à défaut de quoi les actes ne peuvent être facturés. Le respect de ces exigences dépend donc aussi de l'équipement et des logiciels disponibles à la rentrée.^[1][7]

Le Syndicat représentatif parisien des internes de médecine générale (SRP-IMG) a dénoncé le 2 novembre une « réforme d'affichage improvisée ». Ce syndicat francilien signale des logiciels non opérationnels, des formalités insuffisamment clarifiées et un encadrement préparé, selon lui, au moyen d'un module de quatre heures en ligne. Ces alertes sont précises, mais elles ne permettent pas d'établir combien de terrains de stage sont effectivement concernés à l'échelle nationale.^[9]

Pour recueillir aussi bien les réussites que les difficultés, l'ISNAR-IMG, MG France et ReAGJIR ont ouvert en septembre la plateforme SOS4A. Les signalements doivent être anonymisés puis analysés et portés auprès du ministère. Ce recueil peut guider les corrections pratiques, sans constituer à lui seul une évaluation représentative des conditions d'accueil.^[10]

Déserts médicaux : des consultations supplémentaires, pas d'installation garantie

Le gouvernement mise sur le déploiement territorial des docteurs juniors pour renforcer l'accès aux soins. Mais les 80 % annoncés regroupent ZIP, ZAC et QPV, des catégories qui ne mesurent pas toutes le même niveau de difficulté. Une affectation ne renseigne pas non plus sur le nombre de créneaux supplémentaires réellement ouverts aux patients ni sur leur continuité après le stage.^[2]

Une réouverture montre toutefois le potentiel de ce renfort. À Terres de Bord, dans l'Eure, Egora, reprenant des informations de Paris Normandie, a rapporté la reprise d'activité le 2 novembre d'un cabinet fermé depuis 2024, grâce à l'arrivée d'une docteure junior. L'organisation repose sur une convention avec des médecins seniors et sur des moyens matériels fournis notamment par la commune. Cet exemple montre qu'un stage peut améliorer concrètement l'accès aux consultations lorsqu'un encadrement et des locaux sont réunis ; il ne démontre pas encore une installation durable.^[11]

La quatrième année repousse d'un an l'achèvement du DES pour les promotions concernées. Les consultations assurées pendant cette année peuvent compenser une partie du décalage à court terme, mais rien ne permet encore de mesurer l'effet net sur la démographie médicale ou sur les décisions d'installation des médecins en zones sous-dotées.^[1][9]

L'instruction du 21 mai prévoit déjà un comité national de suivi et demande la création de comités locaux dans chaque subdivision. Reste à savoir si ces instances rendront publics des indicateurs comparables : affectations devenues effectives, outils de facturation opérationnels, délais de paiement, incidents d'encadrement, consultations ouvertes et devenir des docteurs juniors après leur DES. Le lancement est acté ; ses bénéfices pédagogiques et territoriaux restent à établir.^[1]

Références

1. Ministères chargés de la Santé et de l'Enseignement supérieur, Instruction interministérielle du 21 mai 2026 relative à la mise en œuvre de la quatrième année du DES de médecine générale, publiée le 28 mai 2026.
2. Ministère de la Santé, Démographie des professionnels de santé : une hausse historique des effectifs formés et de nouvelles mesures pour renforcer l'accès aux soins, 14 octobre 2026.
3. Egora, 3 000 docteurs juniors de médecine générale en novembre ? Ce que disent vraiment les chiffres, 16 octobre 2026.
4. Légifrance, Arrêté du 26 octobre 2026 modifiant l'arrêté du 27 juin 2011 relatif aux stages du troisième cycle des études de médecine, publié le 30 octobre 2026.
5. Légifrance, Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2026, article 60, publiée le 31 décembre 2025.
6. Egora, Docteurs juniors : les MSU qui se partagent l'encadrement se partageront aussi les rémunérations, 30 octobre 2026.
7. Conseil national de l'Ordre des médecins, Circulaire n° 2026-027 relative aux docteurs juniors de médecine générale et aux dispositions dérogatoires de soutenance de thèse, 21 mai 2026.
8. Département de médecine générale de Nantes Université, Présentation Docteur Junior, juin 2026.
9. SRP-IMG, Docteur Junior de médecine générale : une réforme d'affichage improvisée, 2 novembre 2026.
10. ISNAR-IMG, MG France et ReAGJIR, 4e année de médecine générale : lancement de SOS4A.fr, 16 septembre 2026.
11. Egora, Fermé depuis 2024, un cabinet médical rouvre avec l'arrivée d'une docteure junior, 2 novembre 2026.